Ngoài Thái tử Mạc Mậu Hợp, Mạc Tuyên Tông còn có một người con là Uy Vương Mạc Kính Dụng. Đại Việt sử ký toàn thư xác định ông có ít nhất hai người vợ:

1. Hoàng hậu Vũ Thị,[8] sau trở thành Thái hậu thời Mạc Mậu Hợp, mất năm 1592 (sau Tuyên Tông 31 năm, khi đó Mạc Mậu Hợp còn sống) khi bị quân Lê-Trịnh bắt do quá lo buồn.[9]
2. Bùi Thị Hương, mẹ ruột của Mạc Mậu Hơp. Bà còn sống tới năm 1600 và được các thủ hạ của Mạc Kính Cung đưa trở về kinh thành Thăng Long, tôn làm Quốc mẫu mưu khôi phục nhà Mạc. Tháng 8 năm 1600, quân Lê - Trịnh đánh chiếm lại Thăng Long, bà bị bắt và bị giết.[10]